然而，尽管东汉朝廷采取了这一系列看似全面而有力的举措，但在实际执行过程中，却也面临着诸多问题。首先是各将领之间的协调配合问题。由于他们各自被派往不同的地区，且在军事指挥风格与个人性格上存在差异，在协同作战时往往会出现沟通不畅、指挥混乱的情况。例如，在一些地区的交界处，当黄巾军流窜作案时，相邻的将领可能会因为责任划分不清或战术意见不合而延误战机。其次是地方力量的动员与整合问题。虽然各州郡都积极响应朝廷的号召，但地方豪强们往往有着自己的利益诉求，他们在组建地方武装与提供物资支持时，可能会存在敷衍塞责、截留物资等情况。再者，募集人才的过程中也存在着一些弊端。一些公卿为了讨好朝廷或出于家族利益的考虑，可能会推举一些名不副实的人，而真正有才能的民间人士可能会因为缺乏背景与关系而被埋没。
尽管如此，东汉朝廷在汉灵帝的领导下，依然在努力维持着对局势的控制。他们在与黄巾军的对抗中逐渐形成了一套相对完整的应对体系，虽然这个体系存在着诸多漏洞与不足，但在一定程度上还是延缓了黄巾军的进攻势头，使得这场席卷全国的起义战争进入了一个更加复杂与激烈的阶段。而在这个过程中，无论是朝廷一方还是黄巾军一方，都在不断地调整战略、补充力量，为了各自的目标与信念展开了一场生死较量，整个东汉王朝的命运也在这场较量中风雨飘摇，充满了未知与变数。
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